我来回答一下。
恐龙是因为其与翼人一样都最后迎来灭亡命运。这个观铃说过。观铃感受到了一种悲哀。浪漫中带有的悲哀。
神奈不是死，而是于数百年后因封术消退而开始灵魂降注。直至1000年后的AIR篇时。
再说一遍神奈没有中箭归天。即使是动画版的场面也只是羽毛上中过箭。她只是被僧人的封术所封印。空中的神奈明显是为了引开官兵为柳也里叶着想。而且她也不是让人射，而是进行了还击。不过那种情况引开已经是最好的结果了。不要认为神奈可以一个人开路，清光成千上万埋伏的弓箭手。柳也再厉害，里叶再聪明，那种情况下也是逃不掉的。所以神奈的举动不是白费的。而且当时她在柳也里叶周围设了风之护壁，再加上官兵被引开，和次日清晨僧兵和官兵已经消耗很多，战事零星，所以当时柳也里叶待在风之护壁中也是完全可以理解的。
电子书后的很多理解出于不同作者，甚至有互相矛盾的地方。并不是说里面所有的观点都是最合理的。所以请仅作为参考。
灵魂是一个。观铃出生时降注了神奈个人的部分，而当她到了神奈得到传承并被封印的那个年纪的那个夏天，开始降注翼人传承的星之梦部分。
观铃没有轮回着。之前的地上的少女是“其他个体人类”。只不过是被神奈灵魂选中的不同个体人类。神奈的轮回最后被切断了。神奈获得幸福的记忆，归魂大地。小女孩象征崭新的未来。
那个金发有翼少女，在AIR游戏封面那张图里是对观铃命运的一种暗示。在动画里则只不过是没有亲眼见过空中少女的往人的想象而已。所以不必多怀疑什么了。观铃没有轮回。
所谓“翅膀”指的就是翼人传承的星之梦部分。这点知德法师和原作中都提到过。“翅膀痛”的意思就是因为有星之梦的降注所以疼痛。
至于神奈飞上天的意义，前面已经解释得很详细了。至于剧场版，那是某位叫出崎统的老人对AIR的自我写意个性发挥。请不要列入到原作讨论范围里来。
最后，水仙恋您似乎对AIR很有钻研的兴趣？那么看看我之前的一些东西吧。应该对您理解AIR能有所帮助。
（注意：以下仅指Crane和zaibdesf的发言内容）
http://www.keyfc.cn/bbs/showtopic-19688.aspx我的AIR研究帖。
http://www.keyfc.cn/bbs/showtopic-20152.aspx http://www.keyfc.cn/bbs/showtopic-16131.aspx http://www.keyfc.cn/bbs/showtopic-20428.aspx http://www.keyfc.cn/bbs/showtopic-20492.aspx http://www.keyfc.cn/bbs/showtopic-20141.aspxhttp://www.keyfc.cn/bbs/showtopic-20759.aspxhttp://www.keyfc.cn/bbs/showtopic-20899.aspx我参与的一些AIR相关讨论。
另外，仅仅靠动画版是不可能完全理解AIR的。其实许多问题的答案原作里都有。建议有条件并有兴趣的朋友去读原作。
