以下文字仅仅代表个人观点……
首先，渚在小时候是“死”过一次的。她倒在雪地后，最终因为这个而病死。痛不欲生的秋生抱着渚来到了那个山坡上，在那里，光出现，发生了奇迹，救活了本应已死的渚（这一段秋生有在after story中讲到）。也正因为这个，渚的生命从此便和这个小镇联系在了一起。正是因为这个小镇无时不刻发生的变化导致了渚那间歇性低烧的原因。
光，可以说是这个小镇人们幸福的象征一类的吧。也是从远古时代中就存在的。只是因为相信的人越来越少，所以一般人都看不见了。朋也之所以能看见，可能是因为他还保留有幻想世界的记忆。使用光就能给人带来幸福，就能发生奇迹。（风子，渚）
最后的ture end中，光发生共振（13枚只是一个象征，最终发生共鸣的是整个城镇的光），奇迹再一次发生。渚、汐都从与城镇相连的命运中脱离，从此能够过起正常人的生活。
至于标题画面的少女，虽然没有定论，不过比较有说服力的是幻想世界的少女，或者说，另一个世界的汐。
其实CLANNAD的结局就好像AIR一样，每个人看起来都不一样，每个人心中都有最好的解释。
另外，楼主可以参考一下
http://www.keyfc.net/bbs/disp.asp?titleid=3314这个帖子，讨论的很详细，不过我没看懂……
